1952年，中央人民政府农业部兽医生物药品监察所成立。建所之初，中监所组织专家技术会议审查评议新生物制品。

　　1973年，中监所组织新制品鉴定会，承担新兽医生物制品的技术审查工作。

　　1980年，根据《兽药管理暂行条例》，由省、自治区、直辖市畜牧（农业）局批准新研制的兽药中成药和中、西兽药制剂，并报农业部备案。

　　1983年，农业部成立兽医生物制品规程委员会，承担了新生物制品的技术审查工作。

　　1987年，中监所设立兽药典办公室，并成立进口及新化药审评小组和进口动物生物制品审评小组，负责进口化药、动物生物制品及国内新化药、抗生素等的审查和评议工作。

　　1991年，农业部第一届兽药审评委员会成立，下设化学药品（包括抗生素、生化制品、放射性药品）、中药、生物制品三个分委员会。

　　1996年，农业部第二届兽药审评委员会成立，下设化学药品、生物制品两个分委员会。

　　1999年，农业部第三届兽药审评委员会成立，并颁布农业部兽药审评委员会章程，下设化学药品、生物制品、中药三个分委员会。

　　农业部兽药审评委员会下设办公室，挂靠在中监所，与中国兽药典办公室合署办公，具体负责兽药典和新兽药审评工作。

　　2005年，农业部组建第四届兽药审评专家库，分设生物制品专业组、化学药品药学专业组、化学安全评价与统计专业组、中药专业组、鱼蚕蜂用药组、临床组。中监所内设机构改革，成立审评中心。

　　2006年，农业部在中监所加挂农业部兽药评审中心牌子，设立兽药评审一处、兽药评审二处、兽药评审三处，分别负责化学药品、中药和生物制品的技术评审工作。

　　2007年，中监所内设机构调整，兽药评审一处、兽药评审二处合并为化药评审处，兽药评审三处更名为生药评审处。

　　2009年，农业部第五届兽药审评专家库建立，下设生物制品专业组、化学药品专业组（含药学与检验、安全评价与统计、少数用药与少数动物）、中药药品专业组（含中药药学、中药临床）。

　　2013年，农业部第六届兽药审评专家库建立，下设生物制品专业组、化学药品专业组（分化学药品药学组、安全评价组、少数动物用药与少数动物组[水产、蚕药、蜂药、寄生虫与小动物临床]）、中药专业组（中药药学专业组、中药临床组）、共用专业组（畜产品安全、生物统计、环境、实验动物等专业）。

　　2017年，农业部第七届兽药审评专家库建立，下设生物制品专业组、化学药品专业组（含化学药品药学、药理毒理代谢、临床残留与生态评价、少数动物用药与少数动物组[水产、蚕药、蜂药、寄生虫与小动物临床]）、中药专业组（中药药学专业组、中药临床组）。

　　2018年，农业部兽药评审中心更名为农业农村部兽药评审中心。

　　2021年，根据农业农村部公告（第392号），农业农村部兽药评审中心建立实施专职评审与专家咨询相结合的兽药注册评审工作制度。兽药注册评审员分首席评审员、高级评审员、中级评审员和助理评审员四级。